L'actuel Musée égyptien fut conçu en 1896 d'après les plans de l'architecte français Marcel Dourgnon dans un style néo-classique qui s'adapte aux monuments anciens et classiques mais qui ne rivalise pas avec l'ancienne architecture égyptienne toujours existante.

Les galeries internes sont spacieuses et les murs élevés. La lumière du jour entre dans cet édifice à travers des panneaux en verre placés au plafond et à travers les fenêtres du rez-de-chaussée. La partie la plus haute de ce musée est l'atrium central où les monuments furent installés comme dans les anciens temples égyptiens. Les plans de ce bâtiment en T ont pris en considération la possibilité d'ultérieurs agrandissements. De plus, ils permettent aux visiteurs de déambuler de manière relativement fluide entre les diverses galeries.

Les objets sont répartis sur deux étages principaux. Au rez-de-chaussée se trouvent les monuments lourds tels que les statues, les sarcophages, les stèles et les reliefs muraux. Au premier étage, des expositions thématiques nous présentent, entre autres, des manuscrits, des statues de divinités, des momies royales, des objets de la vie quotidienne, des portraits de momies, des sculptures inachevées, des statuettes et vases gréco-romains ainsi que des objets destinés à être utilisés dans la vie après la mort.