Le nilomètre a la forme d'un puits comportant trois couches. La couche inférieure est pourvue d'un plan circulaire. Quant à la couche intermédiaire et supérieure, elles ont des plans carrés.

Le côté est compte trois ouvertures permettant à l'eau de s'écouler dans le puits. Au milieu de ce puits se trouve une colonne octogonale en marbre d'une longueur de 16 coudées, ou 8,4 mètres ou 27,5 pieds. Des marques graduées sont présentes sur cette colonne et indiquent le nombre de coudées et de pouces. Plus les parois de ce puits s'enfoncent dans le sol, plus elles sont épaisses.

L'ensemble de la structure est basé sur un énorme abaque réalisé avec les racines d'un arbre. Le nilomètre est considéré comme la plus ancienne structure ornée de décorations. De plus, il est pourvu d'un arc en ogive double centré et d'un pied de poteau à emboîtement à cloche.